水樣首入曝氣筒，置換掉上次的水樣，然后進行計量，利用鹽酸進行曝氣，去除水樣中的無機碳。采用氮氣進行載氣；平時紅外線分析儀得到的氮氣都是通過燃燒和除濕器供給的，并且燃燒時為了紅外線分析儀的氣室潔凈和實現低溫燃燒，要將載氣供應停止燃燒系統的密封狀態。然后對密封的燃燒系統注入少量的不含無機碳的水樣，讓其在規定的時間內進行650℃的低溫燃燒。燃燒結束后，將燃燒系統的密封狀態解除，燃燒后的有機污染物生成的氣體隨載氣進入除濕器，導入紅外線分析儀。利用紅外線分析儀將生成的氣體中的二氧化碳的濃度測出，形成電信號，再將其進行零點自動補償，用峰值信號或者曲線圖來進行標示該電信號和記錄該TOC的濃度。

　　按測定TOC值的不同原理又可分為差減法和直接法兩種。

　　1、差減法測定TOC值的方法原理：水樣分別被注入高溫燃燒管(900℃)和低溫反應管(150℃)中。經高溫燃燒管的水樣受高溫催化氧化，使有機化合物和無機碳酸鹽均轉化成為二氧化碳。經反應管的水樣受酸化而使無機碳酸鹽分解成為二氧化碳，其所生成的二氧化碳依次導入非分散紅外檢測器，從而分別測得水中的總碳(TC)和無機碳(IC)。總碳與無機碳之差值，即為總有機碳(TOC)。

　　2、直接法測定TOC值的方法原理：將水樣酸化后曝氣，使各種碳酸鹽分解生成二氧化碳而驅除后，再注入高溫燃燒管中，可直接測定總有機碳。但由于在曝氣過程中會造成水樣中揮發性有機物的損失而產生測定誤差，因此其測定結果只是不可吹出的有機碳值。